Molecular Simulation Center Point

สวัสดีครับ ขอต้อนรับสู่ Molecular Simulation Center Point ที่ซึ่งจะเป็นแหล่งช่วยเหลือแก่นักศึกษาที่ลงวิชา Molecular Simulation ครับ

เกี่ยวกับวิชา (SCPY637)
วิชา Molecular Simulation เป็น Course ที่สอดคล้องกับรัฐธรรมนูญใหม่ และ การปฏิรูปการศึกษา ที่เน้นผู้เรียน ไม่ตามใจผู้สอนแบบเก่าๆ เป็น Hands-On Course ที่เน้นการปฏิบัติไม่สนใจการท่องจำ ไม่ประเมินค่าของคนที่การสอบ แต่ดูการกระทำและพัฒนาการ ไม่เน้น Text Books เพราะเนื้อหาไม่มีการเปลี่ยนแปลงตามกาลเวลา ไม่นิยมความรู้แบบท่องจำหรือสูตรที่เล่ากันต่อๆมา หากแต่เน้น Journal Papers ที่มีการ update สม่ำเสมอและไม่ตกยุค
ห้องเรียน: Capability Building Center for Nanoscience and Nanotechnology
เวลาเรียน: Tuesday 17:00 - 18:30 and Thursday 17:00-18:30

เกี่ยวกับผู้สอน
ผู้สอนวิชานี้คือ อาจารย์ธีรเกียรติ์ ห้องพัก คือห้อง K412 นะครับ หากนักศึกษามีปัญหาเกี่ยวกับวิชาสามารถที่จะไปพบได้ แต่ขอให้ไปเฉพาะช่วง Office Hours นะครับ
Office Hours: Wednesday 14:00 - 20:00

กรอบเนื้อหา
เนื้อหาของวิชา Molecular Simulation แม้จะกำหนดไว้แล้ว แต่ไม่ใช่ตายตัว สามารถปรับเปลี่ยนตามแต่ผู้เรียนได้

  1. Introduction to UNIX System
    • CLICK HERE เพื่ออ่านเกี่ยวกับพื้นฐานระบบฏิบัติการ UNIX
    • Vi Reference Card (PDF)
    • ลองอ่าน E-Book เรื่อง Introduction to UNIX (PDF 132 หน้า)

  2. FORTRAN/C Programming

  3. Foundation of Statistical Mechanics
    • CLICK HERE เพื่ออ่าน Statistical Mechanics Lecture Notes

  4. Molecular Quantum Mechanics Methods
    • CLICK HERE เพื่ออ่าน Lecture Notes ของผม (version June 2005)

  5. Molecular Newtonian Mechanics Methods

  6. Practical Aspects of Computer Simulation

  7. Monte Carlo Methods

  8. Molecular Dynamics Methods

  9. Statistical Analysis and Interpretation of Simulation Data

อ่าน Journal Papers เสริม (PDF Files)

Interesting Links

  • Molecular Monte Carlo
    เป็นศูนย์รวมของเว็บทาง MC

  • Statistical Thermodynamics of Materials
    มี lecture note ทางเทอร์โมไดนามิกส์เชิงสถิติโดยเฉพาะการประยุกต์ใช้งานกับวัสดุ มีเรื่องเกี่ยวกับ computer simulation ด้วยครับ

  • Center for Polymer Studies
    เว็บนี้ดีมากๆครับ ควรจะเข้าไปดู มีปฏิบัติการในรูปแบบของ Java Applet ให้ลองทำ ช่วยเสริมความเข้าใจได้ดีมาก ๆ ผม recommend ว่าต้องเข้าไปดูให้ได้ครับ

  • Understanding Molecular Simulation
    เว็บไซต์ของหนังสือ "Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications" ซึ่งแต่งโดย Daan Frenkel and Berend Smit ในเว็บไซต์นี้มี source code ของโปรแกรมที่ใช้ในหนังสือ ตลอดจน update ต่างๆ ใครลงวิชานี้ควรเข้าไปดูครับ


Textbooks
หนังสือเหล่านี้สามารถหาอ่านได้ที่ห้องสมุดสตางค์ครับ

  1. M. P. Allen and D. J. Tildesley, “Computer Simulation of Liquids”, Clarendon Press (Oxford), 1986.
  2. D. Frenkel and B. Smit, “Understanding Molecular Simulation”, Academic Press, 1996.
  3. A. R. Leach, “Molecular Modeling”, Addison Wesley, 1996.
  4. D. C. Rapaport, “The Art of Molecular Dynamics Simulation”, Cambridge University Press, 1998.
  5. C. J. Cramer, “Essentials of Computational Chemistry”, John Wiley & Sons, 2002.
Quantum Mechanics
มุม Molecular Quantum Mechanics นี้ผมจัดไว้สำหรับนักศึกษาวิชา Molecular Quantum Mechanics ซึ่งก็มีประโยชน์สำหรับผู้ที่ลงวิชา Molecular Simulation ด้วยครับ ความรู้ทางด้านกลศาสตร์ควอนตัมของโมเลกุล มีความสำคัญกับการพัฒนา นาโนเทคโนโลยี เป็นอย่างยิ่งครับ

กรอบเนื้อหา

  1. Foundation of Molecular Quantum Mechanics
  2. Ab initio methods
    • Hydrogen molecule
    • Variational principle
    • Download Lecture Note 3
    • Hartree-Fock SCF method
    • Download Lecture Note 4
    • Basis set
    • CLICK HERE. เพื่ออ่านเรื่องเกี่ยวกับ Dirac Notation ซึ่งผู้เขียนได้ลองวิจัยแล้ว พบว่าสอนเด็ก ป. ตรีก็รู้เรื่อง
    • CLICK HERE. เพื่ออ่าน Hartree-Fock Theory. (from some summer school in UK)
    • CLICK HERE. เพื่ออ่าน Introduction to Ab initio Basis Set.
    • Download Lecture Note 5
  3. Electron correlation methods
    • Configuration interaction
    • Perturbation theory
    • CLICK HERE. เพื่ออ่าน Ab Initio Method for Electron Correlation in Molecule เนื้อหาค่อนข้างแน่นหน่อยครับ.
  4. Density functional theory
    • Hohenberg-Kohn Theorem
    • Kohn-Sham Theorem
    • Exchange-correlation functionals
  5. Semi-empirical methods
    • Hueckel Theory
    • CNDO formalism
    • NDDO formalism
  6. Molecular Properties
    • Atomic charge & dipole moment
    • molecular geometry

ภาควิชาฟิสิกส์ มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เบอร์คลีย์ (UC Berkeley) สหรัฐอเมริกา


Center for Carbon Nanotechnologies (Rice University) ของ Professor Richard Smalley สหรัฐอเมริกา เจ้าของรางวัลโนเบลสาขาเคมีปี คศ. 1996 สังเกตุช้างไทยตัวเล็กๆ ยืนอยู่บนเตาปฏิกรณ์ที่ใช้สังเคราะห์ท่อนาโนคาร์บอนข้างหลังผม


ถ่ายที่พิพิธภัณฑ์ Coca-Cola ในนครแอตแลนต้า ในระหว่างการไปวิจัยที่มหาวิทยาลัย Emory โดยทุนที่ได้รับการสนับสนุนจากผู้ถือหุ้นของ Coke คือ Cherry L. Emerson


ถ่ายที่มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีแห่งมิวนิค ระหว่างการไปทำวิจัยหลังปริญญาเอก


ถ่ายที่พระราชวังเชินบรุนน์ ขณะไปเยี่ยมห้องปฏิบัติการ Theoretical Biochemistry มหาวิทยาลัยเวียนนา


เมือง Mittweida ประเทศเยอรมัน เป็นเมืองเล็กๆ ต้นกำเนิดของเบียร์ Mittweida ที่คนไทยคุ้นเคย ถ่ายขณะไปเป็น Visiting Fellow ที่มหาวิทยาลัย Leipzig


Professor Siegfried Fritzsche เป็นเซียนทางด้าน Molecular Dynamics Simulation ในวันนั้นท่านพาไปเยี่ยมชมพิพิธภัณฑ์การบินอดีตประเทศเยอรมันตะวันออก ถ่ายขณะไปเป็น Visiting Fellow ที่มหาวิทยาลัย Leipzig



Back to Home